Segundo antigas tradições os Reis costumavam alojar-se na Casa da Alfândega aquando das suas passagem pelo Porto.
Contudo o desenvolvimento da cidade e o crescente trafego fluvial e marítimo, já considerável no final do século XIX ditaram o inevitável a nova Alfândega foi mandada edificar a 25 de Setembro de 1859, na praia de Miragaia.
E em 1869 foram inauguradas as novas instalações.
Nos dias de hoje o edifício da Alfândega não tem já a mesma função de outorga, o grandioso edifício mostra agora ao publico os transportes da cidade e realiza outros eventos culturais e governamentais como o da Cimeira Ibero-Americana que se desenrolou no ano passado(1998). Os serviços que se desenvolviam neste edifício passaram para novas instalações em Pedras Rubras, junto ao aeroporto Sá Carneiro.
